Es que normalmente pasa eso, que no se repara en ese detalle,
Pero yo tambien entiendo que si se cambia de jornada arrastrando vacaciones devengadas con la jornada anterior, debería tenerse en cuenta, tanto en un sentido como en otro.
En el caso de mi empresa, como las vacaciones se devengan en forma de horas, a razón de 14,66 horas de vacaciones por mes (14,66*12= 176 h que equivalen a 22 días hábiles de vacaciones de 8 horas cada uno) en el caso de jornada completa, y manejando siempre saldos de vacaciones en horas, se soluciona de forma automática.
Como digo, a jornada completa devengas 14,66 h por mes. Por cada día de vacaciones que disfrutas consumes 8 horas.
Si estas, por ej. a media jornada devengas 7,33 horas/mes (que suponen 88 horas al año o, lo que es lo mismo, 22 días de 4 horas). En este caso, cada dias de vacaciones disfrutadas se cosumen 4 horas de saldo y así, siempre de forma proporcional a la jornada (devengo y consumo de vacaciones).
Si resulta que estabas a jornada completa y pasas a media jornada arrastrando por ej. arrastrando 16 horas de vacaciones (es decir, 2 días de 8 horas) pendientes de dsifrutar, mantienes ese saldo de vacaciones, lo que ocurre es que ahora equivaldrán a 4 días 4 horas (o lo que es lo mismo, 4 dias pero durante los que percibiras la mitad del salario que a jornada completa, o tambien, el que hubieras percibido antes, a jornada completa durantre dos dias de vacaciones).
Eso tambien soluciona el tema en el caso de abonar vacaciones en el finiquito (imaginad que uno tiene acumuladas practicamente todas las vacaciones del año, pasa a meda jornada y a los pocos dias causa baja de la empresa. No puede ser que las vacaciones pasen a valer la mitad de lo que le hubieras pagado si hubiera causado baja unos dias antes (ojo!, estamos hablando de vacaciones devengadas a jornada completa y no disfrutadas).
Si te limitases a pagar dias, sin reparar en ello, como decia, le estarias pagando la mitad.