Si el socio, único al parecer, y administrador no retribuido, además presta servicios a su propia mercantil, esos servicios se entienden que son prestados mediante el desarrollo de una actividad económica.
Por lo tanto, el socio y administrador, para ser retribuido por sus servicios, debe darse de alta en actividades económicas, presentar factura a su sociedad, y esta deberá aplicar la correspondiente retención.
Aconsejo leer la Nota Nº 1/12 de la Agencia Tributaria.
https://www.agenciatributaria.es/static_files/AEAT/Contenidos_Comunes/La_Agencia_Tributaria/Segmentos_Usuarios/Empresas_y_profesionales/Foro_grandes_empresas/Criterios_generales/Consideraciones_entida_merc.pdf
Este socio, administrador y trabajador de su propia empresa, puede tener ingresos de tres naturalezas, con su consideración diferenciada:
Beneficios o utilidades, en tanto que socio, es redimiento del capital mobiliario, con retención 19 %. No es deducible del IS.
Si los estatutos lo establecen, retribución como administrador, rendimiento del trabajo, retención 19 % o 35 %. Sí es deducible del IS.
Si los estatutos no lo establecen, es una liberalidad, rendimiento del trabajo, retención 19 % o 35 %. No es deducible del IS.
Por la prestación de servicios de su propio trabajo, actividades económicas y retención 15 %. Sí es deducible del IS.
(En este caso, hay que ir al tanto con lo de los precios de transferencia y las operaciones socio-sociedad)