Creo que como "retribución en especie" en una factura no procede.
Pero sí podría ser como una parte de la factura.
Tengo un cliente autónomo que factura a la sociedad, y la cuota RETA la está pagando la sociedad (entiendo que es tu supuesto).
No hago nada hasta ahora, pero si algún día llega un requerimiento IRPF sobre el pago de esa cuota RETA (de los habituales que se reciben en el Autónomo societario con nómina) , tenía pensado incluir esa cuota en la factura. Ejemplo: factura 3.000 € + IVA por los servicios del mes. Modificaría a 2.700 € servicios del mes + 300 € cuota RETA = 3.000 € + IVA.
No veo porqué no puedo incluir la cuota RETA como un concepto más. Al menos, lo intentaría