Ahí puede existir una confusión con los literales utilizados para ciertos conceptos.
No sé si por "Salario Base" te refieres al salario fijo global de cada trabajador, sin entrar, por tanto, en más desgloses del mismo
Por "Salario Base" yo siempre pienso en el que el convenio de aplicación fija como tal (y para cada grupo/nivel profesional...), y por tanto, tiene el importe que cada convenio fije para el mismo, al igual que pueden existir otros conceptos de convenio, como Plus Convenio, Antigüedad... cuyo importe o condiciones también fijará el convenio.
Quiero decir con eso que, conceptualmente, a mi me "chirría" lo de que "la empresa les sube el salario base", el salario base es el que es, con el importe que fija el convenio, pero esa es mi idea, y lo comento para que sepamos a qué nos referimos cada cada uno a hablar de cada concepto.
El conjunto de conceptos de convenio (que tal vez en algunos casos pueden reducirse al "Salario Base") sería el salario de convenio.
El empleado que está a "convenio pelao", obviamente, con cada incremento de convenio (actualización de tablas, devengo antigüedad, promoción de Grupo/Nivel...) verá incrementado su salario global.
Si resulta que un empleado percibe un salario superior al que le garantiza el convenio, estaremos ante una mejora, que le podemos llamar "mejora voluntaria", "complemento personal"... etc. y y que sigue o puede seguir una dinámica independiente. Ahí habrá que estar a lo pactado en cada caso y/o lo que pueda establecer el convenio en cuestión, y, entre otras cosas, la posibilidad o no de que opere respecto al mismo el mecanismo de absorción o compensación en caso de incrementos de convenio o por cualquier otra causa legal.
Y cualquier incremento sobre el salario global que determine la empresa, en la medida en que no sea fijado por el convenio, debería canalizarse a través de este concepto de mejora o complemento voluntario, o como se le llame (pero, ojo! que a veces la elección del nombre también puede tener sus consecuencias).
Y respecto a la consulta, si, a pesar del incremento de convenio (se supone que con efecto retroactivo), el salario final global (por existir mejoras...) no se incrementa, no habrá liquidación por atrasos (no hay un incremento real del salario ni ahora ni en meses anteriores, ni, por tanto, de las bases de cotización), ahora, si la empresa decide aplicar un incremento real del salario global y también con efecto retroactivo, entonces sí que procederá presentar liquidación complementaria (y a ver qué se explica para que sea sin recargo), pero también son ganas de querer complicarse la vida. En fin cada uno sabrá sus circunstancias, y tal vez en algún caso pueda estar justificado, pero vaya, incrementos discrecionales de la empresa, perfecto, pero ya que es discrecional, voluntario, etc, hacia adelante, no hacia atrás!!.
Saludos