El que hayas hecho una baja fuera de plazo no quiere decir que el trabajador no tenga una fecha de finalización real de la relación laboral (por fin contrato, despido, lo que sea), y a fecha real de finalización de los servicios habrá un finiquito. Lo que tienes que hacer es presentar ese finiquito en la Tesorería y ellos te meterán el TA2 en plazo y no hay que cotizar esos días.