Disculpad, quetal vez se me escapa algo, pero... ¿por que computarías 3 horas como extras?
Respetando el descanso mínimo entre jornadas (12 horas), la jornada diaria puede ser de hasta 9 horas (de trabajo efectivo). La previsión vía convenio o acuerdo colectivo solo se requiere para realizar jornadas superiores a las 9 horas de trabajo efectivo.
Si se respeta ese descanso mínimo de 12 horas entre jornadas (que imagino que sí), no le acabo de ver el problema de fijar una jornada ordinaria de 9 horas durante 3 días a la semana ni que una de las horas de cada una de esas 3 jornadas deba trartarse como hora extra.