Como, aunque el trabajador se encuadre en dicho Sistema Especial, no existen excepciones a la práctica de llamamiento para el mismo debido a mencionada circunstancia, si se formaliza actualmente el contrato fijo-discontinuo, es debido a que el empresario quiere que inicie la actividad en este momento, sin perjuicio de que al finalizar la correspondiente campaña se proceda con la suspensión del contrato de trabajo. Es decir, podría no considerarse "lógico" realizar una contratación (o una transformación) para que, inmediatamente, se pase a una situación de inactividad. Por tanto, "no hay llamamiento" que hacer en la "primera temporada" -el propio contrato lo es por sí mismo, va de suyo-, si no en las sucesivas.
P.D.: Ahora bien, si con baja, te refieres a una IT -según iba redactando lo anterior he caído en esta posibilidad-, creo que sería mejor esperar a la finalización de la misma para realizar los movimientos oportunos (tanto en Contrat@ como en Sistema RED) cuando efectivamente este en disposición de reincorporarse.