Yo igual, hasta que no haya resolución, no liquido. Al cumplirse los 545 días de IT lo "único" que ocurre es que cesa la obligación de cotizar (para ello se le da de baja en filiación al trabajador, a la espera de la resolución sobre una posible IP...), pero la relación laboral subsiste.
Si luego, a las pocas semanas o meses, le deniegan la IP y se reincorpora... lo suyo es que mantenga esas vacaciones y entiendo es anómalo se le haya abonado su compensación económica de forma precipitada.
Si al final se le reconoce una IP, entonces vale, en ese momento se le liquidan.
Saludos