1) En efecto, como ya se ha indicado en anteriores comentarios, respecto al IRPF, el art. 1 del Reglamento del Impuesto presume, salvo prueba en contrario por parte de la persona trabajadora, que no se ha producido desvinculación efectiva si se produce una nueva contratación con la misma empresa o grupo de empresas antes de que transcurran 3 años desde la fecha de efectos de la extinción de la anterior relación laboral.
Sin embargo, creo que hay un apunte importante que realizar: a efectos de practicar la oportuna retención a cuenta del mismo, debe considerar como base para el cálculo de la cuota y el tipo correspondiente, tanto las retribuciones satisfechas antes del despido objetivo, el resto de haberes que se les satisfarán hasta finalizar el año debido al nuevo contrato, más el importe de la indemnización -ya que que ha perdido su exención, por lo ya expuesto- y practicar la regularización procedente en las nóminas que queden por abonar, para que en las mismas se deduzca correctamente toda la diferencia entre la cuantía ingresada a cuenta y la que ahora se recalcula, incluyendo este último concepto en las retribuciones sujetas y como consecuencia de la mencionada pérdida del benficio fiscal. Hay que cerciorarse que no se le retenga de menos. Es decir, debido a que la nueva contratación se realiza en el mismo año natural, no es sólo obligación de la persona trabajadora regularizar la pérdida de la exención, si no que la empresa debe tenerlo en cuenta a la hora de retener correctamente, ya que si no se podría declarar como retenido lo verdaderamente procedente y no solo la cuantía inferior realmente descontada, debiendo asumir la diferencia la parte empresarial (art. 99.5 LIRPF).
2) Ahora bien, de igual manera que la exención de cotización de la indemnización en la LGSS es idéntica que la de la LIRPF -en términos generales-, también se ha contemplado expresamente, con las condiciones ya enunciadas antes, la posibilidad de "perder" de la misma, pero para este último ámbito. Por tanto, entiendo que para que también operase tal regularización en el ámbito de la Seguridad Social, debería haberse regulado lo mismo expresamente, cuestión esta que, actualmente, no está recogida en nignún preceto. Por tanto, opino que no debe practicarse ningún tipo de liquidación de cuotas complementaria.