Yo me he encontrado este caso más de una vez, está de baja en alguna otra empresa y le doy de alta.
La primera vez que me ocurrió, me llamó la Seguridad Social y me dijo que me anulaba el alta porque estaba de IT en otra empresa y no se podía dar de alta, esto sería hace 5 años aprox.
Mas adelante me ha pasado un par de veces, una baja que no debía tener bien grabada el alta de IT y se venía arrastrando en el sistema, me la corrigió acredita y la otra era una baja de IT normal (por lo que vimos llevaba prácticamente el año de IT), el trabajador estuvo 15 o 20 días de alta en la empresa y nos dimos cuenta que tenía IT previa al alta en la empresa al enviar los seguros sociales, en este caso lo que hicimos es aportar contrato y finiquito firmado para corroborar que habia trabajado y que queríamos cotizar normal, que penalicen al trabajador si desean pero no a la empresa puesto que desconocía esta IT. De hecho, cuando hacemos una alta o baja de trabajador en Seguridad Social, siempre guardamos el TA y el IDC, al hacer el alta inicial, el IDC en este caso estaba limpio.
Resumiendo, esa última vez que demostrábamos que el trabajador había trabajado realmente en la empresa, nos eliminaron la IT y pudimos cotizar normal, no sabemos si le dieron el alta solo en nuestra empresa o lo hicieron de oficio en cualquier empresa que estuviera.