Ro, tienes toda la razón. Es un caso que hagas los que hagas no quedará "perfecto".
En mi opinión si el titular está en EO, y existe un autónomo colaborador. Yo no le haría "nomina". No le imputaría unos ingresos para que tribute por una cosa que la empresa no se deduce fiscalmente.
Cuando el titular tributa en ED podría considerar imputar unos ingresos al familiar, pero como para deducir el sueldo, la AEAT considera que tiene que existir un contrato, ya se ha liado el asunto. El contrato no es laboral porque como autónomo colaborador no existiría ajeneidad. Tampoco es contrato mercantil porque el colaborador no ordena por cuenta propia factores productivos. Es un contrato que nadie quiere asumir, un contrato de autónomo colaborador.
Por lo tanto, lo mejor es no hacer nada. El colaborador vive con su familia, depende de ella y colabora ayudando en el negocio. No hay más.
Saludos