El problema es que a menudo yo puedo encontrarme incapacitado para trabajar, incluso para ir al médico (pensemos fiebre alta...) y tampoco sea estrictamente necesario ir a urgencias (dentro de la gravedad, parece algo controlado, imaginemos un proceso gripal fuerte) y lo que debo hacer es precisamente quedarme en casa, reposo, antigripal y nada de salir. De todas formas, llamo al servicio público de salud, me dan cita para al cabo de 2 o 3 días, y pienso que perfecto, porque en ese momento tal vez esté en mejores condiciones para desplazarme a ver al médico y, además de que me reconozca, me de la baja, etc. Pero no se repara en las posibles consecuencias a nivel de fecha de baja).
Cuando existe algún informe médico (atención en urgencias, pruebas diagnósticas, sobre una intervención que haya podido ser realizada en días previos... no suele haber problema, y es que técnicamente el médico puede emitir una baja con efecto retroactivo. Aquí lo que tenemos es la evidencia de que la trabajadora solicitó visita 3 días antes, no porque imaginara que se encontraría indispuesta al cabo de 3 días, sino porque en ese momento no se encontraba bien, probablemente no se encontraba mejor que al cabo de 3 días, cuando al fin la visita su médico, pero claro, es algo en lo que no repara en el momento en el que le dan cita para al cabo de 3 días. Si en ese momento repara en eso probablemente hubiera ido a urgencias o hubiera insistido en solicitar una cita de estas que comentas "No demorables", pero, por desconocimiento o porque en ese estado no piensas en esas cosas, no se lo planteó o no insistió. Pero, como digo, si al tercer día el médico la considera que no está en condiciones de trabajar (aunque eso lo podrá valorar el médico), probablemente ya no lo estaba desde el momento en el que solicitó la visita.
Estando así las cosas, lo técnicamente correcto es lo que habéis indicado, descontar el salario de esos 3 días (si el convenio o política de empresa no contemplan alguna mejora en estas situaciones), pero al menos a mi, cuando crees que puede ser un caso evidente en el que el trabajador ya estado incapacitado desde el primer día, te sabe mal descontar esos días (es una medida impopular, si realmente puede haber sucedido que no estaba en condiciones de trabajar), pero antes de hacer una excepción (que puede tener también otras consecuencias anómalas) sugiero que reporten el caso a su médico (o al menos lo tengan en cuenta para futuras ocasiones), haciéndole notar el impacto económico que tiene (en el que a menudo no reparan, puede ser lógico, ellos están para tratar temas de salud, ya les incomoda tener que ocuparse de trámites burocráticos, como es el emitir partes de baja, como para colmo ponerse a pensar en nóminas, pero si se les explica, tal vez se muestren razonables). Pero está claro que podemos complicarnos (o no) lo que queramos y, en todo caso, ante la queja del empleado, yo siempre doy el mensaje que es un problema o cuestión entre él y su médico, no con la empresa o los de RRHH, que hacemos lo que corresponde (pero podemos darle alguna orientación para evitar estas situaciones)
Dicho esto, obviamente ellos no pueden emitir una baja con efecto retroactivo con una fecha de efecto en la que no disponen de ningún elemento ni evidencia para valorar (que esta es otra. Una doctora de atención primara que conozco me comenta a que a menudo se le presenta gente "a por la baja" de tal día, porque estaban muy mal, pero cuando ya están más frescos que una rosa y solo en base a su testimonio y eso no, claro).