Buenas tardes,
No creo que la causa de sustitución, que es la Incapacidad Temporal, se pueda extender a la suspensión del contrato durante los 2 años de la Incapacidad Permanente, son dos supuestos diferentes, aunque desde luego si lo indicas en el contrato te evitas malentendidos.
Mi duda está más en si debe continuar el contrato de sustitución durante la demora de calificación, o incluso durante la prórroga extraordinaria, ya que el derecho al subsidio por Incapacidad Temporal se extingue con el cumplimiento de los 545, pero no creo que suceda lo mismo con la situación de suspensión del contrato por Incapacidad Temporal, que es la causa de la sustitución.
En alguna sentencia he visto que la Incapacidad Temporal se extingue con los 545 días, y que el periodo posterior es una situación asimilada al alta, pero no Incapacidad Temporal, lo que daría cobertura a una extinción a los 545 del contrato del sustituto.