Si , aunque en este caso sea con varios meses de diferencia, 4 en concreto (comisiones de junio a pagar en octubre), siempre seguís la misma pauta (siempre de forma diferida y a los 4 meses), si, además, podéis justificarlo por razones operativas (ventas a nivel de empresa realizadas en tal mes y que, para poder procesar la información y confirmar importes individuales precisáis de esos 4 meses de margen) tal vez puedas defender que el devengo propiamente corresponde con el mes en el que estás en condiciones de confirmar importes y realizar el pago (aunque 4 meses...). Pero entonces deberás vestirlo de forma que no se trata que la empresa decida en cada ocasión en qué momento pagar dichas comisiones. Lo de percibirlas el mes siguiente, que, como indicas al principio, era la pauta inicial o acordada, parece bastante razonable (se devengan en el mes que se confirma importe y realiza el pago, siendo un concepto que no va referido propiamente a la actividad individual del empleado, por lo que si ese mes está todo de mes de baja, mala suerte, no cotiza, aunque se supone que en la base durante el tramo de IT estaran incluídas las comisiones percibidas el mes anterior a la baja), 4 meses, puede considerarse excesivo, pero, en todo caso, debería ser una pauta constante, no discrecional de la empresa (y que, para colmo, puediera considerarse incluso como interesada). Repito, por mes vencido y siempre por mes vencido, yo lo veo razonable y defendible).
Incluso, por mes vencido, podrías conseguir que cotizara en el mismo mes al que corresponden .Por ejemplo, comisiones de junio, se pagan en julio, pero si queremos mantener que el devengo propiamente es en junio, según en qué fechas proceses los conceptos de nómina, tal vez aún estás a tiempo de incluiras en las cotizaciones de junio. Y si resulta que el mes de devengo se está de baja, lo dicho, "mala suerte", es un concepto que por sistema cotizas en el mes devengo, pero que, aunque no requiere necesariamente actividad del trabajador, puede devengarlo igualmente estando todo el mes de baja, pero durante ese periodo se cotiza exclusivamente por la base reguladora (que, vuelvo a repetir, aunque tal vez con importes no coincidentes, si se trata de una percepción regular mensual, ya deberá incluir ese concepto, el abonado en el mes anterior a la baja).
Sería como el caso que he puesto del seguro médico a cargo de la empresa. Es un concepto que cotiza, y que el trabajador mantiene vigente en caso de baja por IT, permiso por nacimiento y cuidado del menor., etc. pero durante esos periodos se cotizará exclusivamente por la base reguladora. Estas son las reglas del juego (las que marca la norma), pero es que, además, como ya he dicho, de otra forma, se podría estar cotizando dos veces por un mismo concepto (el del mes y el que ya pueda estar incluído en la base reguladora si se percibió, por el importe que fuera, durante el periodo de referencia para determinar la base reguladora).
En el caso, que comentas y ahora a toro pasado... no sé porqué la empresa decidió diferir respecto a plazo habitual o acordado, el pago de comisiones, solo se me ocurre tratar de reconducirlo, como si se hubiera seguido esa pauta de pago al mes siguiente, hacer pagos retroactivos de estos últimos meses (recalcular nómina de julio añadiendo comisiones de junio, la de agosto, añadiendo las de julio...) y sin obsesionarse por hacer cotizar las que correspondan a meses completos de baja (o permiso por paternidad...), porque, simplemente, en esa situación no las puedes hacer cotizar. Eso si, habrá algún mes (en el caso que describes, agosto) que deberás hacer cotizar por una L90 la diferencia de bases (que, de hecho, parece que es lo que has intentado hacer, pero claro incluyendo meses en los que el trabajador estuvo todo el mes de paternidad). No sé si habian comisiones de agosto a pagar en septiembre. Estas aún estarías a tiempo de hacerlas cotizar en plazo.
Pero, lo dicho, habla con la empresa para que traten de seguir una pauta constante (y razonable, por ejemplo mes siguiente si no es pososible en el mismo mes) respecto al pago, y, de rebote, cotizacion de las comisiones (si las pagan cuando les sale en cada momento de... te complican bastante el tema de las cotizaciones, salvo que te adelanten regular y puntualmente los importes y a partir de ahí que paguen cuando les plazca y los tabajadores les consientan).