Para resolverlo, haciéndolo o tratando de hacerlo bien, sería complementaria del 190 del del año pasado (por los excesos de septiembre a diciembre) y que implica presentar también una nueva declaracion por parte del trabajador y complementaria de los 111 de este año afectados (si lo de la complementaria del 190 lo hacen pocos, las del 111, aún son menos) y respecto a las cotizaciones, imagino que previo Casia explicando el caso (pero no me meto en jardines a nivel de operativa con SS porque llevo años out de la gestión directa) y si te lo aceptan, solciitar devolución de ingresos indebidos, pero dicen que es poco probable que te lo acepten, no sé, pero entiendo que es lo que procede hacer.
Y el trabajador devolver la diferencia de liquido, claro.
Vía menos ortodoxa, fácil y con más probabilidades de conseguir el resultado esperado y que tal vez el trabajador prefiera (por dosificar la devolucióln) y si hay mejora voluntaria (la que realmente le corresponde vaya) con margen suficiente, es acordar con él un descuento de bruto por el mismo importe (500 en cada nómina durante 11 meses, o con otra distribución, menos meses si hay acuerdo y margen, o más meses, si no hay margen) y con la sonsifguiente reducción en las bases de IRPF y cotoización.
También se puede regularizar como he dicho (más complicado, que consigas la devolución de ingresos indebidos...), y descontando al trabajador como "anticipo", si no de golpe, en varias nóminas, la diferencia global de líquido.
Pero vaya, 500€ durante casi un año... (5.500€ o más si también afectó a las pagas extras) es de gestión complicadilla.
A ver que otras soluciones o consejos te dan los compañeros.