No veo lo de la duplicidad que dices.
En el alta censal individual de cada uno de los comuneros, cuando se señala lo de la obligación de efectuar pagos a cuenta, hay dos casilla diferentes, una para señalar que es por realización de actividades propias, y otra para señalar que es por realización de actividades mediante una entidad en atribución de rentas (que es el caso).
Luego, la entidad declara informativamente unas rentas totales atribuidas, modelo 184, y cada comunero declara en su caso las rentas atribuidas en su propio IRPF personal. Y claro, añade los pagos a cuenta realizados.
Las rentas totales informadas por el modelo 184, y que debieran ser las mismas que las tenidas en cuenta en la suma total de modelos 130 de cada comunero, deberán coincidir con las rentas totales declaradas finalmente por cada comunero en su IRPF anual.
Lo del 130 intermedio no es duplicidad alguna, sino simple mecanismo para efectuar los pagos a cuenta, y en el caso, un cierto control de calidad.
Piensa que mediante el 184 no pagas ni repartes nada, tan solo informas de unas rentas totales. Los cobros efectivos y/o rentas atribuidas, y los pagos a cuenta efectivos, deben ir por un modelo de autoliquidación (el modelo 130, y/o el modelo 100).