Lo que se puede hacer es "suspender la suspensión"
Es decir, suspendes la vigencia de la suspensión de empleo y sueldo hasta que le den el alta de IT.
Yo me he encontrado algún caso, es cierto que el inicio de la IT fue anterior al inicio de la suspensión de empleo y sueldo (y claro, no puedes suspender lo que ya está suspendido, aunque sea por otra causa) y la sanción se acabo cumpliendo varios meses más tarde, justo tras obtener el alta de IT.
Saludos