En lo de los devengos, salvo que se trate (o se puedan considerar) como atrasos y los puedas delimitar, por tanto, a un determinado periodo. El tema de siempre, por ejemplo, de cómo cotizan los bonus trimestrales, en el que sigue habiendo disparidad de opiniones.
Por lo que parece en el caso, a salvo que el inspector se saca de la manga porque sí, sin tener razón, lo de "aquello que no pueda cotizarse en un mes lo repartes en otros" la clave es la poder conceptualizar el concepto de comisiones como mensual o no. Para ello, debería existir una fuente reguladora de este concepto que fuera conocida con carácter previo. Sí se puede defender que es mensual, ya se estaría haciendo bien como lo ha hecho hecho Javier pero, por lo visto, no se puede defender el carácter mensual en este caso. Yo también he tenido casos iguales, sin inspección de por medio, y los he tratado como concepto mensual, aun cuando había meses en los que no se generaban. Ahora bien, le dejaba claro a la empresa que si aprovechaba para incluir importes de otros meses entonces la cosa cambiaba, aunque yo no tiraba por la vía de la cotización entre 12 meses sino exclusivamente al periodo de devengo de esas comisiones (atrasos), siempre y cuando el cliente me pudiera acreditar que esas comisiones hacían referencia a ese periodo. Ya es conocido que unos tirarían por una vía (12 meses) y otros por la otra (periodo de devengo).
@Javie, En cuanto a lo de cotizar lo de enero, febrero y marzo en abril, pues como te han dicho, rehaces la nomina de abril para incluirlo y entrará en la L00. Si puedes, hazlo con un concepto que solo cotice porque el cobro y la retención ya se produjo en los respectivos meses anteriores.