Salvador, nos parezca bien o mal, es así, la suspensión, de pactarse así expresamente, interrumpe el plazo, sólo el cómputo del plazo y es que así lo deja claro el propio art. 14.3 del ET cuando contempla esa posibilidad (hace referencia interrupir el "computo", para nadahace referencia a los efectos del periodo de prueba)
Y por si acaso, tal como tú mismo has visto, hay alguna sentencia reciente del TS que lo confirma. Pero vaya, antes de ésta ya había otras (si no del TS, si de algunos TSJ). Al menos yo ya llevo muchos años pregonando en distintos foros esta misma idea y dando referencia de sentencias que tienen ya más de dos décadas. De muestra un botón:
http://www.porticolegal.com/foro/responder.php?men=359811&codcat=115%20241%20000%20000
En cualquier caso, y volviendo a si "nos parece bien o mal", o si se da una incogruencia entre la doctrina, la normativa y la lógica ... vamos a ver, párate a pensar en estas situaciones, y confío en que no acabes viendo tal incongruencia:
Un trabajador contratado con un periodo de prueba de 6 meses y se ha acordado tal suspensión en el COMPUTO (de hecho, es el único tipo de suspensión repito, que contempla el ET).
Como sabes, a lo largo del periodo de prueba tanto empresa como trabajador pueden extinguir unilateralmente la relación laboral, si necesidad de mediar preaviso ni justificar en causa alguna su decisión (me refiero a que no es necesario esperar a que llegue el fin del periodo de prueba)
Pasados ya 5 meses, dado que no está respondiendo a las expectativas (en ese tiempo eso ya se ha podido contrastar suficientemente), la empresa decide extinguir el contrato por no superación del periodo de prueba.
En fin, hasta aquí supongo que no ves nada raro, nada incongruente, etc.
Bien, pues imagina el mismo caso pero que el trabajador, pasados ya esos 5 meses, inicia un proceso de IT. ¿Crees lógico (y digo lógico, porque ajustado a la norma, al menos al literal de la misma, queda claro que lo está) que la empresa no pueda ya adoptar ese misma decisión por el mero hecho de que esté de IT (y, repito, porque en el contrato se haya pactado expresamente que esa circunstancia interrumpe el CÓMPUTO del periodo de prueba). Imagina que la IT se prolonga varias semanas o meses. ¿Tiene sentido que ello provoque la imposibilidad de extinguir el contrato por no superación del periodo de prueba???.
¿Por qué entiendes que el trabajador no ha podido demostrar su capacitación?. Temo que estés pensando en casos en los que la IT haya coincidido casi al inicio de la relación laboral (pero no tenemos porque pensar que siempre sea así). Para tu tranquilidad, si así fuera, sí que existe alguna sentencia, pero de casos muy evidentes, como por ej.inicio de la IT el primer o segundo dia de trabajo, en el que se ha estimado como inválida la extinción por no superación del periodo de prueba, ya que en ese caso era evidente que aún no había existido margen para que el periodo de prueba cumple mínimamente su razón de ser. En ese caso estaríamos hablando de un despido.
Por tanto, si esa extinción se produce casi inmediatamente tras el momento del alta, probablemente podremos cuestionar esa pretendida extinción por no superacion del periodo de prueba (pero no porque se haya pactado tal interrupción, sino por el motivo ya explicado), pero si ya ha pasado cierto tiempo (el problema es que fijar cuál es algo ya discrecional), nada debe impedir hacer valer el periodo de prueba para extinguir el contrato a pesar de estar de IT y haber pactado que tal situación interrumpe el cómputo (de la misma manera que, incluso sin haber pactado tal interrupción, se prodrá cuestionar una no superación de periodo de prueba justo en primer dia de trabajo y si el trabajador no ha tenido apenas ocasión de trabajar por coincidir con una IT).
Saludos