No es correcto, es justo al revés. Lo que tiene que pedir expresamente el trabajador es que le practiques una retención superior a la que le vas a practicar y que solo tiene en cuenta el periodo del año trabajado en la empresa. Eso es lo que te ha de firmar, no que te firme que se le retenga precisamente lo que sgún la norma le has de retener (y que tiene en cuenta solo ingresos y gastos durante el año en tu empresa).
Como ya he dicho, me parece muy loable que nos preocupe que si el trabajador ha trabajado en otra u otras empresas durante el año (y cuyos ingresos no tienen porque correponder, proporcionalmente a los que va a tener en nuestra empresa) luego probablemente tenga que pagar y un importe de cierta entidad en ocasiones, cuando presente la declaración de la renta el año que viene, le advirtamos de ello, etc. pero, más allá de que tal vez lo pueda preferir (yo al menos lo tengo claro, sabiendo que tendré que pagar, de momento prefiero que ese dinero esté en mi bolsillo o en mi cuenta que en la de Hacienda, pero cada uno sabe como lleva estas cosas), le corresponde a él , de ser el caso, solicitar expresa y formalmente una retención superior (y que también tendrá que concretar él: "un 15%", "un 20%" ... no "la que corresponda que no me toque pagar luego" o "la que corresponda a lo que he ganado (ojo, y gastos) en la otra empresa y los ingresos (y gastos) en esta"...).
Pero tengamos claro qué es lo que, salvo petición expresa en otro sentido, tenemos que hacer, y qué cosas podemos contemplar si, con nuestra advertencia o no, nos solicitan (y en este caso, repito, siempre solicitud expresa, formal o acreditable y concreta del trabajador y siempre que suponga una retención mayor.