Disculpa Dudas, he estado de vacaciones. No sé si ya tienes el problema resuelto.
No Fernando, si la empresa simplemente hace un pago en nombre del trabajador estamos ante una mediacion de pago, que no estaría exenta.
Como ya traté de explicar, para, además de posibles condiciones más ventajosas en la contratacion (por haberse negociado a nivel de empresa), conseguir la exención (hasta el límite de los 500 euros de prima anuales por beneficiario), la empresa ha de ser la tomadora de la póliza, por lo que, formalmente, el pago lo hace a su nombre, no del empleado, que es simplemente el beneficiario.
Otra cosa es que, como parece ser el caso, este concepto forme parte de un programa de "retribución a la carta" de forma que el coste que supone para la empresa acabe siendo repercutido en el empleado a cambio de una parte de su salario dinerario. Esto también es posible, pero a los meros efectos de conseguir tambien la exención de tributar por el IRPF, aunque, en principio, no a efectos de cotización, ya que la S.S. (juez y parte) entiende que este tipo de programas de retribucion a la carta o flexible no pueden suponer una minoriacion en las bases de cotizacion (y, por tanto, de recaudación).
Pero ojo!, como digo, es improtante que el unico obligado formalmente al pago sea la empresa (tomadora de la poliza y, por tanto, al unico pagador que puede reclamarsele el pago de la prima)
El como configurar el programa de nómina, veo que tienes A3, no de ha de dar más problema. Creas un concepto dentro del bloque de conceptos exentos (ahora estoy en casa y deberia citar el bloque de memoria con el riesgo a equivocarme), con el nombre, por ejemplo "Seguro Médico" parametrizándolo de forma que no actives el indicador para que tribute
Por otro lado, como A3 no contempla conceptos en especie de no tributen (aunque marques "concepto en especie" y exento te lo integrará en la base o no sé qué ocurre exactamente, te lo digo de memoria pero el caso es que lo hace mal), te complica un poco más las cosas (si pudieras marcar "concepto en especie" dentro de los parámetros de ese concepto integraría su importe en el concepto genérico "descuento conceptos en especie" que consiste en un descuento de liquido que evita que el valor de los concpetos en especie aumenten el importe dinerario a cobrar por el empleado).
Es por ello que debes crear un concepto paralelo de descuento de líquido, dentro del bloque de concpetos de descuento (del 700 al 799, creo), por el mismo importe, de forma que se consiga el mismo efecto que el que consegurias de poder marcar la opcion "concpetos en especie" y actuase de forma automática el comentado descuento genérico por conceptos en especie.
Por último, como estamos hablando de un concpeto dentro de un programa de retribucion flexible y pretendes repercutirlo al empleado a costa de su salario dinerario, deberás crear un concepto que puedes llamas por ej "Ajuste Retribución", "Descuento retibucion flexible", etc, pero ojo!, por lo ya comentado, que tribute pero no cotice, ya que informarás el mismo importe que suponga la prima del seguro médico (y la suma del resto de concpetos que puedan integrar el programa de retribucion flexible, si fuera el caso) pero en negativo, de forma que además de descontarselo al trabajador, disminuyas la base del IRPF, pero sin que efecte a la de cotización (de esta forma, el trabajador ve reducido en realidad su liquido por un importe menor que el de la prima, ya que tiene ese ahorro fiscal, pero no puede tener el ahorro en las cotizaciones).
En fin, espero haberme explicado. Si no, lo comentamos con más calma y, si puede ser, con el programa de nomina delante.
Un saludo