En principio, si las vacaciones estás fijadas en días naturales, computarían desde el primer día de disfrute hasta el día anterior a la reincorporación (sea hábil o no), ambos inclusive, por tanto, en este supuesto computarían dos días.
Dicho esto, la distribución de las vacaciones en días naturales y su cómputo no han de suponer que no se cumpla la jornada en cómputo anual.
Al final todo ha de ser coherente. Por ejemplo, dos trabajadores, con la misma jornada, el que hagan una elección (o se les asigne, acuerde...) determinada de las fechas de vacaciones y que esta sea distinta, no ha de implicar que acaben trabajando un número distinto de horas al cabo del año o, en todo caso, no cumplir con la jornada anual.
Es cuestión de fijar ciertas pautas en la distribución de las vacaciones o algún mecanismo de ajuste.
Saludos.