Me imagino que en los casos que mencionáis, el tema estará en el que programa de nóminas lo tenéis como mensual, pero el alta se cursó sin el indicador de Mensual ¿no? Porque cabe la posibilidad de dar de alta los grupos diarios con la opción Mensual, y en ese caso no debería ocurrir lo que os está pasando de que detecté cotización inferior a la máxima.