Pues deberás imputarsela en función del tiempo de permanencia en la empresa (y si no influyen otros concpetos, claro. Yo recuerdo que en un seguro colectivo que teniamos, que no era nominal, cada tirmestre debíamos facilitar a la aseguradora la plantilla media y datos estadisticos como sexo, edad, etc,, al final, aunque no fuera nominal, podiamos llegar a concretar la prima correspondiente a cada trabajador, teniendo en cuenta, además, que en nuestro caso, los capitales asegureados variaban en función de la categoría).
Aunque en este caso immagino que ya tienes claro que solo es a efectos de cotizacion, no de tributación ya que, por lo que dices, sólo cubre el riesgo de accidente de trabajo.
Pero si cotiza, cotiza y no veo que uno puda ampararse en el hecho de que la poliza no sea nominativa, esa es una cuestion interna entre la empresa y la aseguradora y que puede complicar el determinar el importe a imputar por cada trabajador, pero no a modificar su naturaleza o tratamiento en nómina que, como hemos dicho, a dia de hoy, es el de que cotice.
Saludos y ánimo!